1. Der Anfang (OT: The Beginning)
Mulder und Scully machen sich auf den Weg nach Phoenix, Arizona, wo ein Wissenschaftler unter äußerst mysteriösen Umständen ermordet wurde. Für Mulder steht fest, dass der Mord auf das Konto eines Außerirdischen geht. Der geheimnisvolle Raucher ist offensichtlich derselben Meinung, denn auch er ist in Phoenix und hat sich auf die Fährte des Alien gesetzt. Wie immer hat der "Krebskandidat" eine Trumpfkarte in der Hinterhand, die er gnadenlos ausspielt: Schachwunderkind Gibson Praise. Aber auch Mulder und Scully können die Fährte des fremden Wesens aufnehmen. In einem Atomkraftwerk kommt es zu einer Auseinandersetzung mit tödlichem Ausgang ...
2. Die Fahrt (OT: Drive)
Bei einem Routinejob im ländlichen Idaho werden Mulder und Scully Zeugen einer dramatischen Entführung, bei der das angebliche Opfer unter mysteriösen Umständen ums Leben kommt. Ohne Wissen ihrer Vorgesetzten führt Scully eine Obduktion der Toten durch und kommt zu einem erstaunlichen Ergebnis: Nicht eine verirrte Polizeikugel war die Todesursache, sondern ein scheinbar grundlos geplatztes Trommelfell. Scullys Bemühungen, die Hintergründe dieses mysteriösen Todes aufzudecken, werden für Mulder eine Frage von Leben und Tod ...
3. Im Bermuda-Dreieck (OT: Triangle)
60 Jahre nach seinem mysteriösen Verschwinden im Bermuda-Dreieck ist der Luxuskreuzer "Queen Anne" plötzlich auf den Sensoren eines Spionagesatelliten aufgetaucht. Mulder macht sich unverzüglich auf den Weg, um dieser fantastischen Meldung nachzugehen. Kurz vor seinem Ziel im berüchtigten Bermuda-Dreieck kentert Mulders Boot, und er wird von grimmigen Seeleuten aus dem Wasser gezogen - Mulder befindet sich plötzlich an Bord der "Queen Anne". Doch es kommt noch schlimmer ...
4. Dreamland, Teil 1 (OT: Dreamland)
Mulder und Scully halten sich verbotenerweise in einem militärischen Testgebiet namens "Area 51" auf. Plötzlich werden die beiden von einem UFO überflogen. Dabei wird die Persönlichkeit von Fox Mulder mit der von Morris Fletcher vertauscht. Fletcher ist ein Mitarbeiter des Militärs, der sich ebenfalls dort aufhielt. Jeder der beiden ist nun im Körper des anderen gefangen und niemand hat etwas von diesem Vorgang mitbekommen.
5. Dreamland, Teil 2 (OT: Dreamland II)
Immer noch im Körper von Morris Fletcher gefangen, versucht Mulder alles, um seine alte Identität zurückzugewinnen. Doch die Chancen dafür stehen schlecht: Um den Warp-Riss und seine Auswirkungen auf das Raumzeit-Kontinuum rückgängig zu machen, müsste man die Ereignisse der betreffenden Nacht bis ins kleinste Detail rekonstruieren - und schon die leiseste Abweichung könnte fatale Folgen haben ...
6. Zeit der Zärtlichkeit (OT: Terms of Endearment)
Für das junge Ehepaar Wayne und Laura Weinsider bricht eine Welt zusammen: Eine Ultraschalluntersuchung hat ergeben, dass ihr Baby wahrscheinlich stark deformiert auf die Welt kommen wird. In der darauffolgenden Nacht träumt Laura, dass ihr das Kind aus dem Mutterleib gestohlen würde - am nächsten Morgen ist es tatsächlich verschwunden! Während die Behörden an eine selbst ausgeführte Abtreibung glauben, verfolgt Mulder trotz Scullys Bedenken eine andere Spur: Er verdächtigt Lauras Ehemann Wayne, mit bösen Mächten in Verbindung zu stehen. Doch die Wahrheit ist noch furchtbarer als selbst Mulder vermutet hätte ...
7. Der Regenmacher (OT: The Rain King)
Das kleine Städtchen Kroner, Texas, wird von einer monatelangen Dürre heimgesucht. Nur ein Mann, Daryl Mootz, behauptet, es ganz nach Wunsch regnen lassen zu können - gegen eine entsprechende Gebühr. Auf Bitten des Bürgermeisters von Kroner nehmen Mulder und Scully den zwielichtigen Regenmacher unter die Lupe. Tatsächlich scheint es, als könne Mootz das Wetter nach Belieben beeinflussen. Als Mulder und Scully die Vergangenheit des Mannes beleuchten, stellen sie fest, dass hier noch viel stärkere Mächte am Werk sind ...
8. Die Geister, die ich rief (OT: How the Ghosts Stole Christmas)
Ausgerechnet am Heiligabend bittet Mulder Scully darum, ihn bei der Observation eines Hauses zu begleiten, in dem es angeblich spukt. Schon nach kurzer Zeit begegnen die beiden tatsächlich den übersinnlichen Bewohnern des Hauses: Seit ihrem gemeinsamen Selbstmord im Jahr 1917 treibt das ehemalige Besitzerehepaar hier sein Unwesen und hat schon drei weitere Ehepaare in den Selbstmord getrieben. Die Lage spitzt sich zu als die beiden Geister auch in Mulder und Scully ein Liebespaar zu erkennen glauben ...
9. Tithonus (OT: Tithonus)
Nach ihren diversen Extratouren mit Mulder wird Dana Scully vor eine Bewährungsprobe gestellt: Zusammen mit dem ehrgeizigen jungen FBI-Agenten Peyton Ritter soll sie einen scheinbar ganz gewöhnlichen Mord aufklären. Während Scully alle Hintergründe aufklären will, geht es dem neuen Partner nur um eine schnelle Überführung des mutmaßlichen Mörders, einem freiberuflichen Fotografen namens Alfred Fellig. Trotz des ausdrücklichen Verbots mischt sich Mulder schließlich ein und entdeckt bei seinen Recherchen Erstaunliches: Offensichtlich ist der vermeintliche Mörder bereits 149 Jahre alt ...
10. S.R. 819 (OT: S.R. 819)
Bei einem Amateurboxkampf geht Direktor Skinner zu Boden und wacht in einem Krankenhaus auf. Obwohl er schon kurz danach wieder entlassen wird, verschlechtert sich sein Zustand rapide. Aufgrund seiner Symptome vermutet Scully, dass Skinner Opfer eines Giftanschlags wurde. Mulder und Scully machen sich auf die Suche nach den Drahtziehern des heimtückischen Attentats, aber selbst bei den höchsten Regierungsstellen treffen die beiden nur auf eine Mauer des Schweigens. Als ein geheimnisvoller Anrufer dann auch noch verkündet, Skinner hätte nur noch 24 Stunden zu leben, beginnt ein verzweifelter Wettlauf mit der Zeit ...
11. Zwei Väter (OT: Two Fathers)
Aus heiterem Himmel taucht plötzlich Cassandra Spender, die Mutter des FBI-Agenten Jeffrey Spender, wieder auf und vertraut Mulder und Scully ihr Geheimnis an: Sie behauptet, die einzige Überlebende eines Experiments zu sein, bei der ihr von einer Gruppe von Ärzten außerirdische Gene eingepflanzt wurden. Drahtzieher dieses Experiments zur Erzeugung menschlich-außerirdischer Hybriden ist der geheimnisvolle Raucher und sein Syndikat, das sich inzwischen auf die Suche nach Cassandra gemacht hat ...
12. Ein Sohn (OT: One Son)
Zusammen mit Cassandra Spender werden Mulder und Scully nach Fort Marlene verschleppt, einem Hochsicherheits-Quarantänelager der Army. Dort erhalten sie die Bestätigung, dass Cassandra tatsächlich der erste gelungene außerirdisch-menschliche Hybrid ist - der Kolonisation der Erde durch außerirdische Mächte steht damit nichts mehr im Wege. Zurück in seiner Wohnung trifft Mulder den geheimnisvollen Raucher, der ihn endlich in die verschlungenen Pläne und Verschwörungen seines Syndikats einweiht. Diese Informationen bringen Mulder in einen furchtbaren Gewissenskonflikt - Wie soll er sein neues Wissen am Vorabend der Invasion einsetzen?
13. Arkadien (OT: Arcadia)
Mulder und Scully geben sich als Ehepaar aus, um in einer exklusiven Wohnanlage dem spurlosen Verschwinden dreier Familien auf den Grund zu gehen. Zu ihrer Überraschung müssen sie feststellen, dass alle Bewohner der Anlage sich geradezu zwanghaft penibel an absurde Verhaltensregeln halten, die vom Vorsitzenden des Hausbesitzervereins vorgegeben werden. Mulder und Scully ahnen nicht, dass dieser in der Lage ist, ein Tulpa zu erschaffen - ein tibetanisches Wesen, das durch reine Willenskraft erzeugt werden kann ...
14. Aqua Mala (OT: Aqua Mala)
Arthur Dale, Mulders Vorgänger bei der Untersuchung der X-Akten, bittet Mulder und Scully nach Florida zu kommen. Dale vermutet, dass dort eine junge Familie einem Seeungeheuer zum Opfer gefallen ist. Trotz Scullys Widerstand nimmt Mulder die Ermittlungen auf. Ausgerechnet während eines verheerenden Hurrikans werden die beiden tatsächlich von einem Tiefseemonster angegriffen ...
15. Montag (OT: Monday)
Ohne Vorwarnung erlebt Mulder an einem Montag eine Serie von sich wiederholenden Déjà vu-Erlebnissen: Er wird bei einem Banküberfall zusammen mit anderen unschuldigen Bankkunden in die Luft gesprengt. Zuerst trifft ihn diese Vision völlig unvorbereitet, doch je öfter sich die furchtbaren Ereignisse wiederholen, desto deutlicher werden für ihn die Warnungen von Pam, der Freundin des Bankräubers. Mulder wagt den Versuch, die Ereigniskette schließlich zu einem guten Ende zu bringen, doch es kommt zu einer tragischen Wendung, die Mulder nicht vorhergesehen hatte ...
16. Alpha (OT: Alpha)
Mulder erhält von Karin Berquist, einer Internet-Bekanntschaft, den Hinweis, dass ein geheimnisvolles Wesen von einem chinesischen Schiff entkommen ist und angeblich in San Pedro schon zwei Menschen getötet hat. Der Halter des Tieres, ein gewisser Dr. Ian Detweiler, behauptet, dass es sich dabei um einen Wanshang Dhole handelt, eine seltene chinesische Hunderasse, die schon seit 150 Jahren ausgestorben ist. Weder Dr. Detweiler noch die Wolfsexpertin Karin Berquist können sich vorstellen, dass dieser Hund tatsächlich für die tödlichen Überfälle verantwortlich ist. Karin, zu der sich Mulder emotional hingezogen fühlt, glaubt stattdessen, dass Dr. Detweiler selbst von einem Wanshang Dhole besessen ist und nachts als reißender Wolfsmensch auf die Jagd nach Menschenfleisch geht ...
17. Trevor (OT: Trevor)
Nach einem Tornado ist der Schwerverbrecher Pinker Rawls spurlos aus seiner immer noch verschlossenen Einzelzelle verschwunden. Kurz darauf wird die in zwei Hälften geteilte Leiche des Gefängnisdirektors gefunden, ebenfalls in einem verschlossenen Raum. Scully und Mulder werden mit der Aufklärung dieses rätselhaften Falls beauftragt und gelangen bald zu der Überzeugung, dass nur Rawls als Mörder in Frage kommt - doch dazu müsste er im wahrsten Sinne des Wortes durch Wände gegangen sein ...
18. Milagro (OT: Milagro)
Mulder und Scully werden mit der Aufklärung einer Mordserie betraut, bei der den Opfern die Herzen entfernt wurden - ohne jede sichtbare Operationswunde. Die beiden tappen im Dunkeln, bis Mulders Verdacht auf seinen neuen Nachbarn fällt, einen jungen Schriftsteller namens Phillip Padgett. Als Mulder das neueste Manuskript des Autors in die Hände fällt, muss er feststellen, dass darin alle tatsächlichen Morde bis ins letzte Detail vorweg genommen wurden. Der Mörder des Romans ist der brasilianische Wunderheiler Naciamento, der im wirklichen Leben allerdings schon vor zwei Jahren gestorben ist ...
19. Suzanne (OT: Three of a Kind)
Byers, Langley und Frohike, Mulders Freunde der "Einsamen Schützen", besuchen eine Messe für Militärtechnik, um dort Anhaltspunkte für ihre neuesten Verschwörungstheorien zu finden. Doch Byers stößt auf etwas viel Aufregenderes: Plötzlich steht Suzanne Modesky vor ihm, eine brillante Wissenschaftlerin, die vor zehn Jahren vor seinen Augen entführt wurde (Episode "Die unüblichen Verdächtigen", 5. Staffel)! Als ein Freund der Drei unter mysteriösen Umständen stirbt, locken die "Einsamen Schützen" Dana Scully an den Tatort - denn sie vermuten, dass Suzanne mit chemischen Mitteln einer Gehirnwäsche unterzogen wurde.
20. Ex (OT: The Unnatural)
In einem Zeitungsarchiv stößt Fox Mulder zufällig auf die Spur des Polizisten Arthur Dales, der 1947 - im Jahr des UFO-Absturzes - Polizist in Roswell war. Von seiner Neugier getrieben sucht Mulder den Zeitzeugen auf und erfährt von ihm eine unglaubliche Geschichte: Dales war der Freund und Vertraute des im selben Jahr aufgetauchten Baseballspielers Josh "Ex" Exley, der damals den ungeschlagenen Rekord von 61 Homeruns aufgestellt hat. Eine scheinbar übermenschliche Leistung ...
21. Sporen (OT: Field Trip)
Als die Leichen des vermissten Ehepaares Wallace und Angela Schiff gefunden werden, öffnen Mulder und Scully eine neue X-Akte. Der Grund: Obwohl das Paar erst seit drei Tagen vermisst wird, sind die Leichen bereits bis auf das Skelett verwest und von einem seltsamen Schleim überzogen. Bei der erneuten Untersuchung des Fundortes stößt Mulder auf die Schiffs, die sehr lebendig scheinen und nun behaupten, von Außerirdischen entführt worden zu sein.
22. Artefakte (OT: Biogenesis)
In Afrika wird ein mysteriöses Artefakt gefunden und von einem Biologen in die USA gebracht. Überraschenderweise meldet sich dort ein weiterer Wissenschaftler und behauptet, ein beinahe identisches Gegenstück zu besitzen - kurz darauf sind beide Männer spurlos verschwunden. Der Gegenstand scheint außerirdischen Ursprungs zu sein und ist mit Schriftzeichen bedeckt - die möglicherweise einen Bibeltext enthalten. Das Artefakt hat eine seltsame Auswirkung auf Mulder.