Das Raumschiff Andromeda ist im diplomatischen und humanitären Auftrag des Völkerbundes Commonwealth, dem zahllose Planeten angehören, unterwegs. Das Kontrollsystem des Schiffes besteht aus einer hochqualifizierten künstlichen Intelligenz, die bei Bedarf auch als Hologramm eines menschlichen Wesens erscheinen kann. Was Captain Dylan Hunt und seine Mannschaft nicht wissen: sie haben einen feindlichen Spion an Bord. Längst haben nämlich die Nietzscheaner, eine genetisch veränderte Unterart der menschlichen Rasse, den Versuch gestartet, das System der vereinten Planeten zu stürzen, um selbst die Alleinherrschaft zu übernehmen. Gaheris Rahde, erster Offizier der Andromeda und selbst Nietzscheaner, lockt daher das Schiff in einen nietzscheanischen Hinterhalt. Hunt kann den feindlichen Attacken nur entgehen, indem er mit der Andromeda direkt auf ein schwarzes Loch zusteuert. Da das Raumschiff immer stärker in den Sog des schwarzen Loches gerät, sorgt Hunt dafür, dass seine Mannschaft die Andromeda verlässt. Bevor er sich jedoch selbst retten kann, kommt es zu einem Kampf auf Leben und Tod mit seinem ersten Offizier. Während der Auseinandersetzung gerät die Andromeda in den Ereignishorizont des schwarzen Lochs und wird eingefroren. Dreihundert Jahre später versucht das Rettungsschiff Eureka Maru die Andromeda aus dem Einfluss des schwarzen Lochs zu befreien, um es eventuell auszuschlachten. Doch die Aktion gestaltet sich als äußerst schwierig...
Aus Versehen versetzt Dylan einer Gruppe von kindlichen Kriegern in die Lage, ganze Sonnensysteme zu zerstören. Die Andromeda steuert eine Sternenstation an, die zur Zeit des Commonwealth errichtet worden war, damit Raumfahrer ihre Schiffe warten bzw. reparieren lassen konnten. Doch als Captain Dylan Hunt und seine Leute auf der Station landen, müssen sie feststellen, dass das gesamte ursprüngliche Personal während des großen Krieges zwischen den Magog, den Nietzscheanern und dem Commonwealth getötet worden ist. Nun lebt nur noch eine Horde schwer bewaffneter Kinder auf der Station. Als sie hören, dass Dylan der Kommandant eines Schiffes des Commonwealth ist, halten sie ihn für ihren Messias. Dem Nietzscheaner Tyr und dem Magog Rev Bem stehen sie jedoch äußerst feindlich gegenüber. Anführerin der kindlichen Krieger ist die 20-jährige Nassan, die den Neuankömmlingen eher wie eine Greisin vorkommt und ihnen erklärt, dass wegen der starken radioaktiven Strahlung normaler Weise niemand auf der Station älter als 20 Jahre wird. Während Beka versucht, die Strahlung auf der Station zu reduzieren und Trance an einem Mittel arbeitet, die Lebenserwartung der Kinder zu erhöhen, begeht Dylan einen folgenschweren Fehler, der den blutgierigen kleinen Kriegern plötzlich die Möglichkeit eröffnet, ganze Sonnensysteme ihrer angeblichen Feinde zu vernichten...
Während einer lebensgefährlichen Auseinandersetzung mit einem fremden Raumschiff, lehnen Beka und Tyr sich gegen die Kommandos von Dylan auf... Harper navigiert die Andromeda durch ein Feld voller Metall-Trümmer, die zu abgewrackten Raumschiffen gehören. So hofft die Andromeda-Crew auf volle Tanks zu stoßen oder Hinweise auf eine Versorgungsstation in der Nähe zu finden. Urplötzlich taucht ein fremdes Raumschiff aus dem Nichts auf, feuert auf die Andromeda und dreht wieder ab. Der angerichtet Schaden hält sich in Grenzen, trotzdem wollen Harper und das Andromeda-Hologramm dem Angreifer-Schiff so weit wie möglich aus dem Wege gehen. Doch Dylan besteht darauf, dass sie dem fremden Angreifer folgen. Er will um jeden Preis mehr über den Gegner erfahren. Es kommt zu Unstimmigkeiten innerhalb der Mannschaft, doch Dylan setzt seinen Willen durch. So kommt es zu einer weiteren Konfrontation mit dem Feind, der die Andromeda nicht gewachsen zu sein scheint...
Captain Dylan Hunt muss die Andromeda und ihre Besatzung vor feindlichen Nietzscheanern retten. Die versuchen Tyr auf ihre Seite zu ziehen... Harper verhilft dem Andromeda-Hologramm zu einer menschlichen Gestalt, die fortan als Rommie das Team verstärkt. Sie ist es auch, die als erste eine Weltraumschlacht zwischen den Than und den grausamen Nietzscheanern in unmittelbarer Nähe bemerkt. Dylan schreitet sofort in den Kampf ein und rettet das unterlegene Than-Raumschiff vor den Nietzscheanern. Tyr hingegen kritisiert den Captain scharf, weil er durch die halsbrecherische Rettungsaktion die Leben der gesamten Andromeda-Besatzung aufs Spiel gesetzt hat. Außerdem hat Dylan damit den Hass der gefährlichen Nietzscheaner auf sich gezogen, die von ihm die Herausgabe der Thans fordern. Doch Dylan beabsichtigt den Krieg zu beenden und die Vereinigung der Planetensysteme wieder herzustellen. Doch davon wollen die machtgierigen Nietzscheaner nichts wissen. Sie versuchen den Nietzscheaner Tyr auf ihre Seite zu ziehen, um die Andromeda erobern zu können. Ihr Lockmittel: Eine verführerische Partnerin für Tyr...
Durch einen Fehler von Trance gerät die Andromeda in den "Hexenkopf-Nebel" der Vergangenheit. Dort stellen sie fest, dass die Zukunft ohne ihren Einfluss einen völlig anderen Verlauf nehmen könnte. Trance nimmt eine Flugstunde und steuert die Andromeda durch den Slipstream. Prompt kommt das Raumschiff vom richtigen Kurs ab und landet im "Hexenkopf-Nebel", dem Schauplatz der viele hundert Jahre zurückliegenden Schlacht der Nietzscheaner um ein vereinigtes Reich. Tyr, der Nietzscheaner, stimmt die verlorene "Schlacht am Hexenkopf" traurig. Yezgar, eine alte Bekannte von Dylan, taucht mit ihrem Schiff ""Renewed Valor"" auf. Dylan stellt fest, dass die große Schlacht in zwei Tagen stattfinden wird. Allerdings tauchen die Nietzscheaner mit 1500 Schiffen auf und nicht nur mit 500, wie es den historischen Berichten entspricht. Wenn niemand eingreift, wird so der Verlauf der Geschichte geändert. Eine Folge der verlorenen Schlacht war, dass später eine Freie Händlerallianz gegründet wurde, 300 Jahre später Tyr geboren wurde und auch, dass die Andromeda wieder aus dem Schwarzen Loch gerettet wurde. Deshalb beschließt Dylan, tausend Schiffe der Nietzscheaner zu zerstören...
Die Besatzung versucht einem kranken Friedensunterhändler zu helfen und gerät so selbst in die Schusslinie. Auf der Andromeda Ascendant geht ein Notruf von der Om Shanti ein. Dort befindet sich Ihre Durchlaucht Vikram Singh Khalsa und sein Begleiter Rafe. Beka staunt nicht schlecht, dass sie auf diese Art ihren Bruder Rafe wieder trifft. Khalsa ist offensichtlich schwer erkrankt und sehr schwach und Rev Bem besteht darauf, den Herrscher zu behandeln. Beka misstraut allerdings ihrem Bruder, der in der Vergangenheit immer wieder in Betrügereien verwickelt war und sich immer sehr geschickt das Vertrauen seiner Opfer erschlich. Nun beteuert Rafe allerdings, er habe sich gebessert und sei einem Mönchsorden beigetreten. Sein Begleiter Khalsa ist angeblich unterwegs um zwischen der Freien Händlerallianz und den Restorianern Frieden zu stiften. Doch jemand versucht, das Treffen zu sabotieren. Beka verdächtigt die Restorianer. Noch immer verdächtigt sie ihren Bruder und hält ihn für einen Spion der Restorianer. Schließlich gesteht er ihr jedoch, dass er ein Agent der Freien Händlerallianz ist. Als die Andromeda Ascendant von Schiffen der Restorianer angegriffen wird, gelingt es Beka, die Crew mit einem genialen Trick zu retten.
Als sich die Gelegenheit bietet, unternimmt Harper eine Reise in die Vergangenheit. Keiner weiß, ob er je in die Gegenwart zurückkehren kann... Der Abgesandte des Direktorenrates der Sinti, Hohne, ist begeistert von der Andromeda und will den Wiederaufbau des Commonwealth unterstützen. Dylan ist in Gedanken bei Sara, der Frau, die er vor 300 Jahren verlassen hat, als er in ein schwarzes Loch geriet. Damals stellte Sara eine Crew zusammengestellt um ihn zu retten. Unterstützt von Dylans altem Freund Khalid, dem Roboter Twilight und dem Steuermann Marquez versucht sie ihren Geliebten zu retten. In der Zukunft gibt Rev Bem Dylan den Rat, Sara eine Botschaft in die Singulärität zu schicken. Harper glaubt sogar einen Menschen in die Vergangenheit schicken zu können und Dylans Sehnsucht nach Sara ist so groß, dass er sich auf das Experiment einlässt. Obwohl die Rückkehr in die Gegenwart fraglich ist, lässt sich Dylan zurückschicken und trifft seine geliebte Sara wieder...
Dylan verhandelt mit einem Regierungsbeauftragten des Planeten "Arazia" über dessen Beitritt zum neu zu gründenden Commonwealth. Doch der "Councilor" lehnt das Angebot nicht nur ab, sondern verurteilt Dylan wegen Hetzerei zu lebenslanger Haft. Gemeinsam mit Rommie wird Dylan in eine weit entfernte Strafkolonie geflogen. Dort führen Roboter eine wahre Schreckensherrschaft. Unter den Gefangenen, die in den Wäldern leben und "Outsider" genannt werden, lernt Dylan die intelligente Jessa kennen, und gemeinsam planen sie die Flucht. Doch dann wird Jessa von den Aufsehern verschleppt und gefoltert. Währenddessen sind Beka und Tyr auf dem Weg zu dem Gefängnisplaneten, um Dylan und Rommie zu retten. Sie ahnen nichts von dem tödlichen Verteidigungssystem des Planeten.
Lee, Präsident einer Welt von Wasseratmern, wird kurz vor der Unterzeichnung von Dylans Charta zur Gründung eines neuen Commonwealth ermordet. Nun steht die Gründung der Staatenunion in Frage... Der Präsident einer Welt von Wasseratmern, Lee, will Dylans Charta zur Gründung eines neuen Commonwealth unterzeichnen. Er kommt zu Verhandlungen auf die Andromeda und wird dort plötzlich von Tyr beschuldigt, an der Ausrottung seines Volkes Schuld zu sein. Lee bittet um ein Gespräch unter vier Augen, und dabei löst sich ein Schuss aus Tyrs Kampflanze, der Lee tödlich trifft. Kanzler Chandos, der daraufhin zum neuen Präsidenten aufgerufen wurde, möchte diesen Vorfall am liebsten vertuschen, um die Unterzeichnung der Charta nicht zu gefährden. Lees Sicherheitsbeauftragte Yau fordert dagegen strengste Bestrafung des Täters. Harper kann jedoch nachweisen, dass Tyrs Lanze manipuliert war und auf Befehl von außen losging. Nun gerät Yau unter Verdacht, da ihre Eltern bei dem angeblich von Lee befohlenen Völkermord umkamen. Doch Chandos profitiert als Nachfolger Lees am meisten von dessen Tod...
Beka erhält einen drei Jahre alten Hilferuf von Sid, dem ehemaligen Partner ihres Vaters. Kurzentschlossen reist sie nach Dipha 5, um Sid zu helfen. Doch der will etwas ganz anderes von Beka... Als die Andromeda an einer Raumstation andockt, erhält Beka eine Botschaft von Sid, dem ehemaligen Partner ihres Vaters, der sie um Hilfe bittet. Obwohl die Botschaft bereits drei Jahre alt ist und trotz eines drohenden Solarsturms, entschließt sich Beka, dem Hilferuf zu folgen. Trance schleicht sich an Bord von Bekas Raumschiff, um sie auf ihrer Reise ins Ungewisse zu begleiten. Kaum auf Dipha 5 angekommen, erfährt Beka, dass Sid und der berüchtigte Sam Profit ein und dieselbe Person sind. Vor Jahren hatte er bei dem Versuch, die Droge ""Flash"" zu schmuggeln, mehrere Zollbeamte umgebracht. Bekas Vater wollte damit nichts zu tun haben und trennte sich von seinem Partner - allerdings nicht ohne Beweise für Sids Gewalttat mitzunehmen. Sid glaubt nun, dass Beka im Besitz der Informationen ihres Vaters ist und ihn damit erpressen will. Nachdem sie von Sid brutal gefoltert wurde, kommt Beka dahinter, dass ihr Vater die Informationen seinerzeit mit Hilfe von Nano-Bots in ihren Haaren gespeichert hat. Nun versucht sie, Sid davon zu überzeugen, dass seine Schandtaten im Falle ihres Ablebens sofort publik werden...
Die Andromeda trifft auf ihr Schwesternschiff Pax Magellanic, deren Kommando nach dem Tod des Kapitäns von Pearce übernommen wurde. Doch Pearce ist kein Mensch, sondern die Amok laufende künstliche Intelligenz der Pax... Die Andromeda Ascendant trifft auf ihr Schwesterschiff Pax Magellanic, das sich in einem aus Trümmern des Planeten Herodotus hervorgegangenen Asteroiden-Gürtel befindet. Der Kommandant des Schiffes, Captain Warrick, ist tot, und Pearce hat das Kommando übernommen. Von Pearce erfährt die Andromeda-Besatzung, dass Warrick bei einem Angriff der Nietzscheaner umgekommen sei. Er habe sich mit seinen Truppen gerade auf dem Planeten Herodotus aufgehalten, als dieser von den Nietzscheanern in die Luft gesprengt wurde. Dylan und Rommie kommt jedoch einiges komisch vor, und Rommie entdeckt schließlich, dass Pearce und alle anderen Menschen auf dem Schiff Hologramme sind. Pearce ist die künstliche Intelligenz der Pax Magellanic, die Warricks Befehl zur Selbstzerstörung ignoriert und statt dessen den Planten samt Warrick und seiner Mannschaft gesprengt hat. Nun will sie auch die Andromeda zerstören...
Tyr hatte eine Bruchlandung mit der Eureka Maru und kann sich an nichts mehr erinnern - noch nicht mal an seinen Namen. Und an Bord befindet sich ein seltsamer Metallkasten, der ihn schnell in größte Gefahr bringt... Yvaine und ihr 16-jähriger Sohn Breyon beobachten, wie die Eureka Maru auf dem Planeten Midden notlandet. Die beiden begeben sich zu dem offensichtlich durch Kämpfe schwer beschädigten Raumschiff und finden den halb bewusstlosen Tyr. Doch der erinnert sich weder an seinen Namen, noch daran, was in dem von ihm transportierten Schrein verborgen ist. Er erfährt, dass der nietzscheanische Stamm der Drago-Kazov den Planeten beherrscht, und bald wird ihm auch bewusst, dass sie offensichtlich hinter seiner Ladung her sind. Als er von den Dragans angegriffen wird, kann er den Kommandanten Arjun überwältigen und befielt ihm, den Kasten tief in den Wald zu tragen. Wieder alleine, überkommt die Tyr die Erinnerung an den Inhalt der Kiste: Sie beherbergt den mumifizierten Körper von Drago Museveni, dem ersten aller Nietzscheaner. Inzwischen hat Arjun eine Reihe von Soldaten zusammengetrommelt und Yvaine und Breyon als Geiseln genommen...
Ein sterbender Perseid hat seine Daten in Harpers Gehirn übertragen. Nun ist der Kopfgeldjäger, der den Perseid festnehmen wollte, hinter Harper her.. Nachdem die Eureka Maru mit einem unbekannten Objekt kollidiert ist, gabeln Beka und Harper einen Rettungsball auf. Sie öffnen ihn und finden darin einen sterbenden Perseid. Während Harper versucht, seine Wunden zu versorgen, versetzt ihm der Perseid einen enormen Stromimpuls und stirbt. Harper kollabiert beinahe, doch dann ist er voller Energie und spricht doppelt so schnell in den unterschiedlichsten Sprachen, die er plötzlich alle perfekt beherrscht. Inzwischen ist der Kopfgeldjäger Jeger an Bord gekommen, der einen Haftbefehl für den Perseid in den Händen hält und den Leichnam untersuchen will. In der Nacht hat Harper schlimme Albträume von Holocaust, Vietnam und Bürgerkrieg und beschließt, seine Energie lieber in seine Projekte zu stecken. Frenetisch singend läuft er durch die Andromeda und verblüfft die Crew damit, dass er an mehreren Projekten gleichzeitig arbeitet. Doch die Sensoren melden, dass Harpers Gehirn völlig überladen ist. Bei der Untersuchung von Harper stellt Trance fest, dass die komplette Datenbank der intergalaktischen Universität in Harpers Kopf abgespeichert ist. Plötzlich taucht Jeger wieder auf und greift Harper an, doch als Tyr und Dylan eingreifen, flieht er durch den Flur des Hangars. Als Jeger schließlich das Feuer auf die Andromeda eröffnet, lockt Harper den Kopfgeldjäger auf die Eureka Maru. Schnell hat Jeger ihn gefasst und versucht, Harpers Schädel zu öffnen, um an seine Daten zu kommen...
Dylan wird vom Gefolge des Diktators Venetri entführt und gefoltert. Venetri will Rache für den Tod seines Vorgängers, an dem Dylan schuld sein soll... Die Andromeda liegt auf dem Trockenen, weil das Entlüftungssystem erneuert werden muss. Dylan ist gerade dabei, ein neues Ventil zu besorgen, als er von Gefolgsleuten von Venetri, dem neuen Diktator von Mobius, überfallen und abgeführt wird. Er wird verhört und gefoltert und erfährt schließlich, dass Venetri sich für eine zurückliegende Mission Dylans rächen will. Damals hatte Dylan den Diktator Ferrin entführen und vor ein Tribunal stellen wollen. Weil dabei ein Wachmann ums Leben gekommen ist, wird Dylan jetzt zur Rechenschaft gezogen. Außerdem soll er für den Tod von Diktator Ferrin verantwortlich sein...
Weil die Andromeda sich nicht dem ""Konsens der verschmähten Teile"" anschließen will, wird sie von dessen leitender Intelligenzeinheit unter Beschuss genommen. Und dann ergreifen auch noch Teile eines Abgesandten des ""Konsens"" Besitz von den Systemen der Andromeda... Beim passieren eines Trümmerfeldes dringen Metallteile in die Andromeda ein, die sich an Bord zu einem formvollendeten Wesen namens HG zusammenfügen. HG ist Abgesandter des ""Konsenses der verschmähten Teile"". Dabei handelt es sich um eine Union von Ausschuss-Bauteilen. Der ""Konsens"" hat von der Mission der Andromeda erfahren, und VX, leitende Intelligenzeinheit der Union, will Kontakt aufnehmen, Nach anfänglichem Misstrauen nimmt die Andromeda Kurs auf den von HG vorgeschlagenen Treffpunkt, wo der finstere VX an Bord kommt. Schnell wird klar, dass VX eigentlich nur an der Andromeda interessiert ist, und als Dylan es ablehnt, Beobachter des ""Konsenses"" dauerhaft an Bord zu haben, lernt er das wahre Gesicht von VX kennen: VX fordert die Andromeda auf, dem ""Konsens"" beizutreten, der Organische lediglich als Sklaven betrachtet. Doch Andromeda lehnt ab und wird daraufhin von seinem riesigen Schlachtschiff unter Beschuss genommen. Unterdessen entdeckt Harper, dass Teile des mittlerweile aufgelösten HG Besitz von den Systemen der Andromeda ergreifen...