"Andromeda" dreht sich um die Abenteuer von Dylan Hunt (Kevin Sorbo), den Captain der Andromeda Ascendant, seine sechsköpfige Crew, und ihre Mission, das System des Commonwealth, eine Regierung, die für eine lang andauernde Zeit des Friedens und Wohlstands verantwortlich war, wiederherzustellen.
Das letzte Lebenszeichen von Captain Dylan Hunt und seinem Raumschiff Andromeda Ascendant ist in den Zeiten des Aufruhrs, der das System des Commonwealth auseinanderbrechen ließ, vernommen worden. Man glaubte das Schiff verloren, doch es überstand dreihundert Jahre lang - gefangen in einem Schwarzen Loch. Das Commonwealth, ein System, das Hunderte von Welten in drei Galaxien umfasste, wurde in der Zwischenzeit von innen zersetzt, fiel auseinander und stürzte die Gesellschaft in Chaos und Bürgerkrieg.
Drei Jahrhunderte später wird die Andromeda Ascendant im Ereignishorizont des Schwarzen Lochs von dem Bergungsschiff Eureka Maru entdeckt. In der Hoffnung, das riesige Raumschiff für eigene Zwecke nutzen zu können, rettet die Crew der Eureka Maru die Andromeda Ascendant.
Dylan erwacht aus einem Zustand des Stillstands und findet seine Welt dramatisch verändert vor. Die Zivilisation, wie er sie kannte, liegt in Ruinen. Völlig verstört macht er sich daran, das Commonwealth wiederaufzubauen. Nachdem er die Crew der Eureka Maru von seiner Mission überzeugt hat, beginnt er die vielfältigen Kulturen der bekannten Welten wiederzuvereinen.
Auch die Crew der Andromeda stammt aus unterschiedlichsten Kulturen, immer wieder müssen sie sich auf ihrer Mission mit ihren gegenseitigen Vorbehalten auseinandersetzen, um ihr gemeinsames Ziel zu erreichen. Mit einer bunt zusammengewürfelten und wenig disziplinierten Truppe macht sich Dylan Hunt unerschrocken an seine selbst gewählte Aufgabe: Das Commonwealth muss wiederauferstehen!