Season 2 beginnt mit einem piepsenden, blinkenden Eingabe-Prompt auf einem Computer-Monitor. Ein Mann erwacht und setzt sich vor den Bildschirm. Er tippt eine bestimmte Kombination aus sechs bekannten Zeilen ein und drückt auf "ausführen". Dann legt er Musik auf, macht sich Frühstück, wächst ab, trainiert, nimmt eine Dusche. Als er sich eine Spritze injiziert, wird er hellhörig, eilt zu einem Guckrohr, und einige Spiegel justieren sich. Als die Kamera den Spiegeln folgt wird der Flur immer düsterer und macht schließlich eine Biegung nach oben- es ist der Schaft unterhalb der Luke, in die Jack und Locke verdutzt gucken.
Oben macht Jack Kate, Locke und Hurley klar, dass sie in dieser Nacht keine weiteren Nachforschungen anstellen werden. Es sei einfach zu gefährlich, und die anderen Überlebenden sollten zuerst Bescheid wissen. Locke sieht ihn sehr skeptisch an, stimmt ihm dann aber zu. Dennoch fragt er Jack: "Warum willst du nicht dort runter?".
FLASHBACK:
Eine Frau, die bei einem Autounfall schwer am Rücken verletzt wurde, wird ins Krankenhaus gebracht. Jack kümmert sich um sie, während im Hintergrund ein Mann namens Adam Rutherford in den OP gerollt wird. Jack gelingt es, den Zustand der Frau zu stabilisieren. Die Frau bringt schwach hervor: "Ich muss auf meiner Hochzeit tanzen". Ein Closeup zeigt, dass die Frau Sarah aus Episode 1.20 ist.
Charlie und Sayid sind zurück bei den Höhlen und berichten, dass es keine "Anderen" gebe. Alles sei nur eine Irreführung von Danielle gewesen... Shannon ist währenddessen auf der Suche nach Vincent, das sie den "verdammten Hund" verloren hat.
Hurley stellt Locke zur Rede, da er gegen seinen Willen die Zündschnur angezündet hat. Dieser rechtfertigt sich nicht wirklich, er wollte einfach in den Hatch (die Luke). "Und allen das Leben retten", erinnert ihn Jack. Kate unterbricht die drei, denn sie hat etwas gefunden: Neben der Luke steht groß "Quarantäne".
Auf der Suche nach Vincent verliert Shannon Sayid, als dieser den Hund im Dickicht sieht. Mitten im dunklen Wald hört sie flüsternde Stimmen... gleich darauf sieht sie Walt! Er ist komplett durchnässt und flüstert ihr unverständlich etwas bezüglich eines Knopfes zu. Sayid taucht wieder auf. Walt ist verschwunden.
Als Locke sich mit Kate unterhält, erfährt er, dass auch Kate nicht so begeistert von seinem eisernen Willen ist, in die Luke zu steigen. Da erinnert er sie an den schwarzen Rauch, der ihn kürzlich in ein anderes Loch gezogen habe. Wenn sie diese Wolke auch gesehen habe, sei sie wohl selbst auch verrückt... Hurley offenbar Jack unterdessen seine ganze Geschichte: Als er in der Psychiatrie war, hat er die Zahlen 4, 8, 15, 16, 23 und 42 aufgeschnappt, die ihm nur Ärger einbrachten. Nun stehen die Zahlen auch auf dem Hatch, und Hurley glaubt, er sei verflucht. Jack weiß nicht, was er davon halten soll. Es seien immerhin nur Zahlen. Hurley ist angepisst.
FLASHBACK:
Jack gesteht der Sarah, die wieder ansprechbar ist, dass sie einfach gesagt einen "gebrochenen" Rücken sowie innere Blutungen habe. Die Chancen stehen sehr schlecht, dass sie komplett geheilt wird. Jacks Vater bittet ihn auf den Flur hinaus. Dort erklärt er ihm, dass Patienten lieber hören würden, dass es eine einprozentige Chance auf Heilung gebe, als eine 99prozentige auf eine missglückte OP. "Das ist falsche Hoffnung", meint Jack. - "Aber immerhin Hoffnung".
Zurück bei den Höhlen erzählt Shannon sofort, dass sie ein Flüstern gehört und Walt gesehen habe. Als wäre das nicht genug Grund zur Sorge, kommen Jack und die anderen zurück, und erklären, dass nicht alle von ihnen in den Hatch hinuntergehen können. Außerdem habe Arzt es nicht zurück geschafft... Jack verspricht aber, dass sie den Sonnenaufgang alle erleben werden. Sie hätten immerhin noch vier Pistolen.
Gleich darauf offenbart John, dass er nicht länger warten könne. Er schnappt sich ein Seil und begibt sich zurück zur Luke.
Auch Kate tritt an Jack heran und gratuliert ihm zur Ansprache- er gebe den Leuten Hoffnung. Dennoch gesteht sie ihm, dass sie Locke hinterher gehen werde. Sollte er beim Versuch, in den Hatch zu klettern, umkommen, solle er nicht alleine sein. Sie wartet noch ab, doch Jack widerspricht ihr nicht. Daher geht sie.
FLASHBACK:
Jack spricht mit Sarahs Verlobtem und bringt ihm bei, dass Sarah wohl bleibende Schäden davontragen werde. Der Mann ist völlig überrumpelt und kommt mit dieser Last scheinbar nicht klar.
Dann geht Jack in den OP, wo ihm Sarah noch ein Geheimnis anvertraut: Sie meint, sie wisse, dass sie nie wieder tanzen könne. Es sei okay. Dann schläft sie ein und Jack tut seinen Job.
Locke hat bereits auf Kate gewartet. Sie wird die erste sein, die in den Schacht vordringt, da Locke sie mit dem Seil ganz einfach rauf- und runterlassen kann. Kate gefällt das zwar weniger, doch sie willigt ein. Mit einer Taschenlampe bewaffnet wird sie vorsichtig abgeseilt. Erste Turbulenzen gibt es, als einer der Bäume umknickt, an denen der Flaschenzug befestigt ist. Locke kann Kate nach einem kurzen freien Fall aber abfangen. Mit blutigen Händen lässt er sie weiter nach unten, während die runtergefallene Taschenlampe den Boden des Schachts ausleuchtet. Kate will ihre Angst wieder durch Zählen unterdrücken. Als sie aber bei der Vier angelangt, erlischt das Licht am Grund, und sie brüllt "STOP!!!". Locke gehorcht ihr. Panisch beginnt Kate: "John, ich glaube hier unten ist irgendwas...". Im Bruchteil einer Sekunde wird Kate von grellem Licht geblendet, das oben sogar aus der Luke tritt. Locke kann nichts sehen und spürt, dass das Gewicht am Seil verschwunden ist. Kate also ebenso...
Bei den Höhlen meint Jack zu Hurley, dass er seine Meinung geändert habe. Er müsse nach dem Rechten schauen. Allein geht er also zum Hatch, um dort nur ein befestigtes Seil vorzufinden. Locke und Kate reagieren auf seine Rufe nicht. Nach kurzer Überlegung seilt sich auch Jack ab.
FLASHBACK:
Jack läuft nachts die Treppen eines Stadions auf und ab, als einen Sektor weiter jemand anderes genau dasselbe tut. Es wird zu einem Wettrennen nach oben, das Jack verliert, da er sich den Knöchel verstaucht. Sein Konkurrent eilt zu ihm: "Geht's dir gut, Bruder?". Der Mann namens Desmond kümmert sich um Jack und meint, er wäre selbst fast Arzt geworden. Als er sich nach dem Grund erkundigt, warum Jack trainiere, erzählt dieser ihm von Sarah. Desmond selbst trainiert, weil er ein "Rennen um die Welt" machen will. Wiederholt fragt er, warum Jack glaube, dass er seine Patientin nicht gerettet habe. Glaube er nicht an Wunder? Desmond verabschiedet sich mit den Worten: "Viel Glück, Bruder. Wir sehen uns im nächsten Leben".
Jack ist am Ende des Schachts angekommen. Mit einer Taschenlampe tastet er sich voran. Überall sieht er Schimmel, Rost, veraltete Roher und... ein Paar Turnschuhe. Er findet ein Gemälde an der Wand, in dem die Zahlen 16 und 108 (die Summer der verfluchten Zahlen), sowie mysteriöse Symbole zu sehen sind. Darunter steht noch Farbe. Nach etwas mehr Rost und Schimmel bemerkt Jack, dass sein Metall-Schlüssel von einem Objekt im Flur angezogen wird.
Dann erweckt aber einer der Spiegel seine Aufmerksamkeit, der sich lautstark justiert. Plötzlich geht der Song "Make Your Own Kind of Music" aus dem Vorspann wieder los und ein grelles Licht blendet Jack. Schnell weicht er in einen Flur aus, der ihn in eine größere Halle führt. Unter einer Kuppel im Erdinneren, die teilweise verglast ist, stehen Dutzende Geräte mit Hunderten Knöpfen, Ton- oder Filmrollen und Monitoren. Das grüne Prompt ist wieder zu sehen. Als Jack etwas eingeben will, stoppt die Musik. Locke erscheint und meint, er solle nichts anfassen. Jack richtet seine Waffe auf John und will wissen, wo Kate ist. In dem Moment wird von anderswo eine zweite Pistole an Lockes Hals gehalten.
FLASHBACK:
Jack sitzt noch immer verschwitzt vom Stadion-Lauf in Sarahs Zimmer. Er ist sofort zu ihr gekommen und sieht zu, wie sie aufwacht. Er erzählt ihr, dass er alle Treppen im Stadion laufen wollte, aber gestürzt ist. Ebenso entschuldigt er sich unter Tränen dafür, dass er bei ihr versagt habe. Es tue ihm Leid, dass sie für den Rest ihres Lebens gelähmt sein werde. Sarah leitet seinen Blick an den Fuß des Krankenbettes. Sie wackelt mit ihrer Zehe. Jack kann es nicht glauben und führt sofort einige Gefühlstests durch. Tatsächlich sprechen ihre Füße darauf an. Jack und seine Zukünftige brechen in Freudentränen aus.
Der Mann, der die zweite Waffe hält und sich hinter einer Ecke versteckt, befiehlt Jack, die Pistole fallen zu lassen. Obwohl Locke ihm versichert, dass es Kate gut gehe, und der Unbekannte einen Warnschuss abgibt, hält Jack die Waffe fest. "Hast du davon die ganze Zeit gesprochen? Ist das dein Schicksal?", fragt er Locke. Der Unbekannt spricht eine letzte Warnung aus und zeigt dann sein Gesicht. Es ist Desmond.