Eine pyrianische Invasion bedroht Samsarra. Mithilfe todbringender Generatoren versuchen die Aggressoren, die sauerstoffhaltige Atmosphäre des Planeten zu vernichten – und damit die Lebensgrundlage der dort lebenden Kolonisten des Commonwealth. Nachdem die Andromeda die ersten Anschläge vom Planeten aus erfolgreich vereiteln konnte, versucht Dylan eine Flotten-Blockade gegen die feindlichen Raumschiffe zu errichten. Doch die Gegenwehr ist zu stark. Mitten im Gefecht drängt Trance Dylan, das Feld zu räumen und den Pyrianern ihren Sieg einzugestehen – ansonsten bestünde die Gefahr, dass sich die Lage weiter zuspitzt und die gesamte Galaxie im Chaos versinkt. Dylan veranlasst schließlich die Evakuierung des Planeten und steht vor einer schwerwiegenden Entscheidung: Soll er sich gegen die brutalen Invasoren stemmen – oder der Zerstörung des Planeten zustimmen, um das sensible Gleichgewicht der galaktischen Mächte nicht zu gefährden…
Nach einem Rennen mit dem nitzscheanischen Kreuzer-Kaptiän Agio empfängt die Crew der Andromeda eine Signal vom Rande des bekannten Weltalls. Währendessen hört Dylan eine unbekannte, weibliche Stimme flüstern, die sonst niemand hören kann. Die Andromeda setzt Kurs in Richtung des Signals, dass von dem Planeten Ymir zu kommen scheint. Dort können sie beobachten, wie eine Partikelwolke einen Mond berührt - ein wunderschönes Ereignis, dass nur alle 800 Jahre stattfindet. Dylan hört wieder das Flüstern und fliegt mit der Crew auf den Mond. In einem Labyrinth aus Eistunneln finden sie einen Kokon. Das Wesen im Kokon scheint sterben zu müssen, wenn die Wolke den Mond berührt. Dylan weist Tyr auf der Andromeda an, die Wolke von ihrem Kurs abzubringen. Dann bricht der Kontakt ab. Während Tyr es mit einer EMP-Bombe und dem plötzlich aufgetauchten Nietzscheaner Agio schafft die Wolke zu zerstören, ist Dylan und die Crew von Eisfeen überwältigt worden. Die Eiskönigin will sich mit Dylan vereinen, wenn die Wolke den Mond streift. Nur so kann sie alle 800 Jahre ihrem gesamten Volk die Energie zum Leben geben. Dylan versucht die zerstörte Wolke wiederherzustellen und das feindliche Eingreifen von Agio kommt ihm später zu Gute.
Als die Andromeda einen Konvoi Handelsschiffe des Commonwealth Geleitschutz gewährt, entdecken sie eine Kampfkreuzer in der Nähe. Es findet ein Kampf zwischen den Nitzscheanern und den Drago-Kazov statt. Als ein paar Schiffe sich der Andromeda feindlich nähern nimmt die Crew den nitzscheanischen Kapitän Gaiton in Gewahrsam. Gaiton behauptet, dass die Draganer angegriffen hätten, weil sein Volk angeblich im Besitz der „Stimme der tiefen Nacht“ sei. Dabei handelt es sich um eine Slipstream-Sonde, die das gesamte Slipstream-Netz kartiert hat. Rommie findet den Aufenthaltsort der Sonde und die Andromeda macht sich auf den Weg zu dem abgelegenen Planten. Da die Bewohner des Planeten noch nicht ins Weltall vorgedrungen sind, muss die Crew sehr vorsichtig vorgehen. Während Dylan und Beka Probleme mit den Bewohnern des Planeten bekommen, offenbart sich Gaiton als Spion der Drago-Kazov gegenüber Tyr. Er hat ein Nachricht für ihn. Gaiton macht Tyr ein verlockendes Angebot und die Ereignisse überschlagen sich, als sich plötzlich Nitzscheaner dem Planeten nähern. Irgendjemand scheint sie informiert zu haben.
Aufgrund schwerer Turbulenzen im Slipstream muss die Andromeda in einer Galaxie voller Giftmüll-Rückstände „notlanden“. Die Andromeda kann, aufgrund des radioaktiven Abfalls, der das Navigationssystem stört, das Prolon System nicht wieder verlassen. Mit der Insassin einer bemannten Kapsel, die von der Andromeda vor dem Angriff dreier prolonischer Schiffe bewahrt wird, holt sich Dylan und seine Crew eine Menge Ärger an Bord. Denn es handelt sich dabei offensichtlich um die Prinzessin des königlichen Hauses von Prolon. Prinzessin Tura ist sehr gefragt: der königliche Konsul und ein prolonischer Mönch fordern ihre Übergabe ein. Doch es stellt sich heraus, dass die Prinzessin eigentlich eine der meist gesuchtesten Verbrecher im Prolon System ist. Im Gerichtsverfahren gegen sie tritt Dylan als ihr Verteidiger auf - doch zu seiner Überraschung weichen die Gerichtspraktiken in diesem System von den bekannten Vorgehensweise stark ab.
In einer Höhle auf dem Wüstenplanet Amarna werden Dylan und Tyr vor Geniten gerettet, die sie umbringen wollen. Constantine Stark und sein Team von Soldaten kommen mit an der Bord der Andromeda, da ihr eigenes Schiff schwere Schäden aufweist. Stark wird von seinen Truppen auch „Der Patriarch“ genannt und ist ein Nachfahre von Constanza Stark, einer Mentorin von Dylan. Er ist der Anführer einer geheimen Kampftruppe, die gegen die Nietzscheaner und die Geniten kämpft. Dylan und Stark schließen sich zusammen, um gemeinsam gegen die Geniten zu kämpfen. Bald entdecken sie ein Forschungslabor, in dem die Geniten einen Virus entwickelt haben, der die ganze menschliche Rasse auslöschen könnte. Gemeinsam machen sie sich auf, um den Virus sicherzustellen. Es stellt sich jedoch heraus, dass der Patriarch etwas anderes mit dem Virus vorhat als Dylan.
Die Andromeda ist im Trockendock und Tyr möchte die Zeit nutzen, um nach anderen seiner Abstammung zu suchen. Dylan gibt ihm die Maru mit. Der Rest der Crew bereitet sich auf die Stapellassung der Resolution, dem neuesten Schiff der hohen Wache. Harper und Rommie überwachen die Zusammenkunft des Schiffes mit seiner neuen künstlichen Intelligenz, als Rommie plötzlich rebelliert und das Schiff kapert. Dylan holt die Andromeda wieder online und nimmt die Verfolgung der Resolution auf. Harper findet an Bord der Resolution heraus, dass Rommie nicht sie selbst ist, sondern ein Teil eines früheren Geliebten, der sich nun Remiel nennt. Durch einen Trick schaffen es Dylan und Hector, die eigentliche KI der Resolution an der Bord des Schiffes zu gelangen. Während Remiel sich einen eigenen Körper verschafft hat, ist es Rommie gelungen ihren Körper wiederzugewinnen. Dylan und Harper sabotieren das Schiff, doch wird es ihnen gelingen, den gerissenen Remiel außer Kraft zu setzen? Tyr scheint indes seine eigenen, großen Wege zu gehen.
Während die Crew der Andromeda beim Essen ist dockt plötzlich ein Transporter an und Nietzscheaner stürmen Hangar Deck 15. Sie riegeln das Deck ab und nehmen Geiseln. Die Nietzscheaner wollen die Knochen von Drago Musevini und die Maru als Gegenleistung zur Freilassung der Geiseln. Sie bekommen, was sie wollen. Währenddessen fallen immer mehr System der Andromeda aus und auch die Kommunikation mit Jane Rollins, der Assistentin des Kriegsministers die zur Hilfe kommen will, bricht ab. Als die Nietzscheaner auf die Maru gelangen steht dort schon Tyr und begrüßt die Ankömmlinge. Sofort danach erschießt er jedoch die Anführerin und gibt den Nietzscheanern Anweisungen, die sie auch ohne weiteres befolgen. Als die Andromeda die Verfolgung aufnimmt und den Slipstream verlässt ist sie in der Lage, die Maru wieder aufzunehmen. Doch befindet sich die Crew nun inmitten des Drago-Kazov-Systems. Tyr verlässt das Schiff mit einem Slipfighter und Ataturk, der junge Führer der Drago-Kazov erklärt, dass Tyr die Andromeda hier her gelockt habe und nun der neue Führer der Drago-Kazov sei. Harper stellt fest, dass Tyr die Andromeda seit 3 Jahren sabotiert hat und Dylan macht sich auf, um Tyr einzuholen. Und um die Andromeda bricht eine riesige Schlacht aus.